ε- Polylysin er et lysegult pulver med sterk hygroskopisitet og en lett bitter smak. Det er en rettkjedet polymer av lysin. Den påvirkes ikke av pH-verdien, er termisk stabil (120 grader, 20 minutter), og kan hemme varmebestandige bakterier, så den kan varmebehandles etter tilsetning. Men når man møter sure polysakkarider, hydrokloridsalter, fosfater, kobberioner, etc., kan deres aktivitet reduseres på grunn av binding. Når det kombineres med saltsyre, sitronsyre, eplesyre, glycin og høyere fettglyserider, har det synergistiske effekter. Molekylvekt mellom 3600-4300 ε- Polylysin har den beste antibakterielle aktiviteten, og når molekylvekten er under 1300, mister ε- Polylysin sin antibakterielle aktivitet. På grunn av det faktum at polylysin er en blanding, har det ikke et fast smeltepunkt og begynner å myke og dekomponere over 250 grader. ε Polylysin er løselig i vann og lett løselig i etanol. Den infrarøde spektrumanalysen av karakteriseringen viser at det er sterke absorpsjonstopper ved 1680-1640cm-1 og 1580-1520cm-1.